原上海卫计委科技教育处处长张勘2015年在一篇文章中谈及上海医科院建设的阻力和难点。在他看来，建立上海医科院会涉及机构撤并、管理层级扁平化设计、调整不合理或落后的知识结构、更新管理观念等挑战。

　　“国内具备医教研全面发展能力的医学科学家十分稀缺。”前述主任医师表示，深圳医科院建成后，能联合深圳各大医院，培养更优秀的医学科学家，促进医科院、高校医学部、医院三方联动，真正促进中国生物制药、医疗器械的发展。从这个维度上看，前景还是很乐观的。前述北京医学研究人员表示，医学是以临床应用为导向的实践学科，颜宁的主攻方向是结构生物学，想要管理好一所医学科学院面临着挑战。

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