王贻芳建议，应给予科研单位充分自主权，将科研经费具体分配、使用权下放给研究机构。只有研究所自己才有专业能力判断，什么是领域内真正前沿和重要的问题？什么是真正的“从0到1”的原创性项目？站在整个机构统筹的角度，什么是未来3~5年或5~10年应该重点聚焦的方向？对这些问题的回答应由所长充分征集科研人员的建议，并平衡好各方不同需求后再确定。“对基础研究机构而言，必须要有相当比例的项目非常具有前瞻性，但目前所里没有一个明确的战略聚焦方向，每个课题组都是直接和科技部、基金委签合同。”

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