本轮机构改革后，原属科技部的中国21世纪议程管理中心、科学技术部高技术研究发展中心被划入基金委。中国科学院科技战略咨询研究院研究员穆荣平对《中国新闻周刊》说，这可能是一种信号，未来国家自然科学基金委会增加前沿引领技术研究开发与创新的资助功能。

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　　上海交通大学物理与天文学院教授李亮认为，基础研究中有一类，短期内看不到任何未来的应用场景，比如寻找质量的来源或正反物质不对称起源，这些问题是关乎宇宙发展和演化的终极问题，不能用简单需求去套。中国科学院院士、中科院数学与系统科学研究院研究员周向宇对《中国新闻周刊》说，目前过于强调“自由探索和需求导向”的二分法容易让人产生一种误解：自由探索型的基础研究是漫无目的的，实际上，其目的是构建新的科学知识体系。

　　中国科学院院士、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所研究员周忠和负责的“克拉通破坏与陆地生物演化”成为2016年首批获得该项资助的三个项目之一。他对《中国新闻周刊》说，该项目经费管理比较宽松，但问题是这种项目太稀缺了，这虽然是一种稳定支持的模式，但本质上仍是一类竞争性很强的项目。庄辞也认为，这类项目支持的比例非常小，仍是面向极少数人，目前竞争已趋白热化。/p>