目前，临床上对病原体检测还会使用宏基因组测序，仪器可对送检样品内DNA或RNA进行高通量随机测序，与已知的微生物参考基因组数据库进行比对，分析出病原体。对肺炎患者进行支气管镜下支气管肺泡灌洗，可以较精确地取到病变部位的标本，但检测结果需要根据临床表现和测序报告综合分析。

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