本轮机构改革后，原属科技部的中国21世纪议程管理中心、科学技术部高技术研究发展中心被划入基金委。中国科学院科技战略咨询研究院研究员穆荣平对《中国新闻周刊》说，这可能是一种信号，未来国家自然科学基金委会增加前沿引领技术研究开发与创新的资助功能。

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　　中国科学院高能物理研究所研究员张新民是 “阿里原初引力波探测实验”项目的首席科学家和国际合作组发言人，他分析说，在人才引进方面，首席科学家也缺乏足够的自主权。在评定职称、工资和绩效等方面，都要归所属科研单位的行政管理。

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