本轮机构改革后，原属科技部的中国21世纪议程管理中心、科学技术部高技术研究发展中心被划入基金委。中国科学院科技战略咨询研究院研究员穆荣平对《中国新闻周刊》说，这可能是一种信号，未来国家自然科学基金委会增加前沿引领技术研究开发与创新的资助功能。

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