新冠疫情以来，公共卫生体系改革备受关注。疾控局作为疫情中出现的新机构，不同于疾控中心或此前设置于卫健委内部的疾控局（处），职能有所调整。

　　国家疾控局与各地疾控机构的关系，经方案明确，国家疾控局领导地方各级疾病预防控制机构业务工作，制定监督检查和考核评价办法并组织实施。审核省级疾病预防控制局的监测预警等规划计划和应急预案，指导开展监测预警、免疫规划和隔离防控等相关工作，建立上下联动的分工协作机制。

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